| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2016 | 〃 | 2,561 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2015 | 〃 | 2,382 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2017 | 交付対象事業の実施 | 2,288 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金推進事業 | 2020 | 交付対象事業の実施 | 1,391 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2019 | 交付対象事業の実施 | 1,350 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2018 | 交付対象事業の実施 | 1,342 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2016 | 全天候型のスポーツ・伝統文化交流拠点施設の整備 | 1,149 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2016 | 全天候型のスポーツ・伝統文化交流拠点施設の整備 | 886 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2015 | 全天候型のスポーツ・伝統文化交流拠点施設の整備 | 757 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2015 | 焼却施設 | 710 |
| 内閣府 | 農業農村整備事業に必要な経費 | 2020 | 農地・農業水利施設の整備等に係る経費 | 655 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2018 | 学校施設整備事業の実施 | 467 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2015 | 全天候型のスポーツ・伝統文化交流拠点施設の整備 | 457 |
| 内閣府 | 農業生産基盤整備事業に必要な経費 | 2019 | 農地・農業水利施設の整備等に係る経費 | 420 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2017 | マテリアルリサイクル推進施設 | 414 |
| 内閣府 | 農業生産基盤整備事業に必要な経費 | 2016 | 農地・農業水利施設の整備等に係る経費 | 412 |
| 内閣府 | 農業生産基盤整備事業に必要な経費 | 2015 | 農業生産基盤整備事業に係る事業費等 | 396 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2017 | 学校施設整備事業の実施 | 387 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2018 | マテリアルリサイクル推進施設 | 377 |
| 内閣府 | 農業生産基盤整備事業に必要な経費 | 2017 | 農地・農業水利施設の整備等に係る経費 | 357 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2019 | 学校施設整備事業の実施 | 297 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2015 | 沖縄地域の防災・暮らしの安心に資する下水道整備(防災・安全) 他 | 272 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2020 | 地域住民の安全性・利便性を確保する道路整備 他 | 242 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2015 | 宮古地区における市民や観光客の利便性・安全性の向上と環境緑地の確保 他 | 218 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2018 | 上水道施設整備 | 215 |
| 農林水産省 | 特定地域経営支援対策事業 | 2016 | 意欲ある経営体（事業実施主体）への補助、事業推進に必要な事務等 | 205 |
| 内閣府 | 農業生産基盤整備事業に必要な経費 | 2018 | 農地・農業水利施設の整備等に係る経費 | 205 |
| 農林水産省 | 次世代林業基盤づくり交付金 | 2018 | 森林・林業再生基盤づくり交付金事業に対する補助等（木造公共施設整備） | 190 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2017 | 通学路における交通安全対策のための道路整備 | 188 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生・成長促進交付金 | 2019 | 漁業協同組合に対する交付金の交付事務、指導監督等 | 184 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2016 | マテリアルリサイクル推進施設 | 184 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2020 | 上水道施設整備 | 175 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2019 | 通学路における交通安全対策のための道路整備 他 | 169 |
| 農林水産省 | 農業水路等長寿命化・防災減災事業 | 2020 | 長寿命化・防災減災対策に資する農業水利施設等の整備 | 161 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2017 | 工事の実施等 | 160 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2019 | 上水道施設整備 | 159 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2017 | 上水道施設整備 | 155 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2016 | 通学路における交通安全対策のための道路整備 | 146 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2018 | 通学路における交通安全対策のための道路整備 他 | 143 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2020 | 学校施設整備事業の実施 | 131 |
| 農林水産省 | 特定地域経営支援対策事業 | 2020 | 意欲ある経営体（事業実施主体）への補助 | 120 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2015 | 上水道施設整備費 | 114 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生交付金 | 2017 | 海業支援施設の整備 | 109 |
| 農林水産省 | 農業水路等長寿命化・防災減災事業 | 2019 | 長寿命化・防災減災対策に資する農業水利施設等の整備 | 105 |
| 農林水産省 | 農地耕作条件改善事業 | 2020 | 区画整理、暗渠排水等の整備をきめ細かく実施 | 100 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2020 | 市有林の森林整備に関する経費 | 86 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生交付金（強い水産業づくり交付金） | 2016 | 荷さばき施設等の整備 | 80 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2018 | 歩行者の安全歩行を確保する道路整備 他 | 80 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2019 | 市有林の森林整備 | 76 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2018 | 市有林の森林整備 | 73 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2017 | 市有林の森林整備 | 73 |
| 内閣府 | 防犯灯・防犯カメラ等緊急整備事業 | 2017 | 防犯灯・防犯カメラ等緊急整備事業 | 72 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2016 | 市有林の森林整備 | 72 |
| 農林水産省 | 農地耕作条件改善事業 | 2019 | 区画整理、暗渠排水等の整備をきめ細かく実施 | 70 |
| 内閣府 | 森林整備事業に必要な経費 | 2015 | 市有林の森林整備 | 61 |
| 国土交通省 | 安心して訪日観光ができる海洋周辺地域の観光魅力向上事業（国際観光旅客税財源） | 2020 | クルーズ旅客等の満足度向上・消費拡大促進事業（平良港（漲水地区）） | 58 |
| 内閣府 | 水産基盤整備に必要な経費 | 2020 | 漁港漁場施設の整備等に係る経費 | 54 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2020 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 54 |
| 内閣府 | 沖縄子供の貧困対策に必要な経費 | 2018 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 48 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2019 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 47 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2017 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 40 |
| 内閣府 | 沖縄観光防災力強化支援事業 | 2020 | 市町村が観光避難民に対応する食料、飲料水の備蓄等を支援 | 38 |
| 農林水産省 | 特定地域経営支援対策事業 | 2015 | 意欲ある経営体の育成のための補助金 | 37 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2018 | スクールバス・ボート等購入費、遠距離通学費等、保健管理費 | 37 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 工事の実施等 | 32 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2017 | 遠距離通学費等、保健管理費 | 31 |
| 総務省 | ふるさとテレワーク推進事業 | 2019 | 平成30年度当初予算 ふるさとテレワーク推進事業 | 30 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2019 | 遠距離通学費等、保健管理費 | 30 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2016 | 遠距離通学費等、保険管理費 | 30 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2018 | 市町村支援事業・特定処理事業 | 29 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2020 | 遠距離通学費等、保険管理費 | 28 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2018 | ヤード使用料等 | 22 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2019 | マテリアルリサイクル推進施設 | 22 |
| 厚生労働省 | 地方改善施設整備費補助金 | 2020 | 隣保館等施設整備費 | 22 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2019 | ヤード使用料等 | 22 |
| 厚生労働省 | 地方改善施設整備費補助金 | 2017 | 隣保館等施設整備費 | 21 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2016 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 21 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2016 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 20 |
| 内閣府 | 水産基盤整備に必要な経費 | 2018 | 狩俣地区機能強化施設設計、高野地区機能保全計画策定 | 18 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2020 | 市町村支援事業 | 16 |
| 内閣府 | 廃棄物処理施設整備に必要な経費 | 2015 | 施設整備に関する計画支援事業 | 16 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2015 | 工事の実施及び工事に係る調査設計等 | 12 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2015 | 用地借料等 | 12 |
| 内閣府 | 沖縄離島活性化推進事業 | 2020 | 複合型スポーツ振興・人材育成拠点施設整備事業 | 7 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2017 | 港湾施設修繕 | 6 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 6 |
| 文部科学省 | ICTを活用した教育推進自治体応援事業 | 2016 | ICTを活用した学びの推進プロジェクト ICT活用実践コース | 4 |
| 文部科学省 | 新時代の学びにおける先端技術導入実証研究事業 | 2019 | 遠隔教育システムを導入し、遠隔教育の実践を行う。 | 3 |
| 文部科学省 | ICTを活用した教育推進自治体応援事業 | 2015 | ICTを活用した学びの推進プロジェクト ICT活用実践コース | 3 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2020 | 施設借上 | 2 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2019 | 施設借上 | 2 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2019 | 水道料及び船舶給水料 | 2 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2018 | 施設使用料 | 2 |
| 国土交通省 | 治安及び救難体制の整備に関する経費 | 2017 | 港湾施設使用料 | 2 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2015 | 船舶給水料 | 2 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 2 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 2 |
| 農林水産省 | 人・農地問題解決加速化支援事業 | 2017 | 人・農地プランの見直し、地域連携推進員の活動 | 1 |
| 国土交通省 | 巡視船艇の運航に関する経費 | 2018 | 水道料 船舶給水料 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 1 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 0 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 用地借料等 | 0 |
