| 厚生労働省 | 生活困窮者自立相談支援事業費等負担金 | 2020 | 生活困窮者の自立の促進及び被保護者の就労支援 | 817 |
| 厚生労働省 | 国民健康保険制度関係業務事業費補助金 | 2017 | 市町村自庁システムの改修 | 263 |
| 外務省 | 独立行政法人国際交流基金運営費交付金 | 2020 | 本部事務所賃借料 | 199 |
| 国土交通省 | 密集市街地総合防災事業 | 2017 | 密集市街地総合防災事業 | 190 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本スポーツ振興センター運営費交付金に必要な経費 | 2018 | 新国立競技場整備事業敷地に係る土地賃貸借 | 175 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本スポーツ振興センター運営費交付金に必要な経費 | 2017 | 新国立競技場整備事業敷地に係る土地賃貸借 | 175 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本スポーツ振興センター運営費交付金に必要な経費 | 2016 | 土地賃貸借 | 175 |
| 厚生労働省 | 児童保護費等負担金 | 2016 | 児童入所施設等の運営事業 | 146 |
| 国土交通省 | 密集市街地総合防災事業 | 2019 | 密集市街地総合防災事業 | 141 |
| 文部科学省 | 独立行政法人日本スポーツ振興センター運営費交付金に必要な経費 | 2019 | 新国立競技場整備事業敷地に係る土地賃貸借 | 117 |
| 国土交通省 | 公的賃貸住宅の管理等 | 2017 | 公的賃貸住宅家賃対策補助 | 94 |
| 厚生労働省 | 新型コロナウイルス感染症緊急包括支援等事業 | 2020 | 区市町村緊急包括支援事業 | 76 |
| 厚生労働省 | 児童保護費等負担金 | 2017 | 児童入所施設等の運営事業 | 60 |
| 厚生労働省 | 児童保護費等負担金 | 2015 | 母子生活支援施設等の運営事業 | 55 |
| 外務省 | 独立行政法人国際交流基金運営費交付金 | 2019 | 本部事務所賃借料 | 50 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2020 | 学校・家庭・地域の連携協力推進に資する事業 等 | 39 |
| 外務省 | 独立行政法人国際交流基金運営費交付金 | 2020 | 受付・ライブラリー等賃借料 | 32 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2015 | 地域コミュニティの活性化を図るための事業の実施等 | 30 |
| 環境省 | 公害健康被害補償給付支給事務費交付金 | 2018 | 健康被害の認定及び補償給付に関する事務 | 25 |
| 厚生労働省 | 特定感染症検査等事業費 | 2019 | 性感染症・HTLV-1・風しん抗体の検査 | 21 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2020 | 中長期在留者住居地届出等事務 | 16 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2019 | 中長期在留者届出等事務 | 16 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2018 | 中長期在留者届出等事務 | 16 |
| 厚生労働省 | 感染症予防事業費等負担金(感染症発生動向調査事業を除く） | 2019 | 入院勧告・措置に係る医療 | 14 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2017 | 中長期在留者届出等事務 | 14 |
| 厚生労働省 | がん検診総合支援事業費等 | 2019 | 新たなステージに入ったがん検診の総合支援事業の実施 | 13 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2015 | 中長期在留者届出等事務 | 13 |
| 法務省 | 中長期在留者住居地届出等事務の委託 | 2016 | 中長期在留者届出等事務 | 12 |
| 厚生労働省 | がん検診総合支援事業費等 | 2018 | がん検診従事者研修事業の実施 | 12 |
| 厚生労働省 | 予防接種事故救済給付費 | 2017 | 予防接種事故救済給費の補助 | 9 |
| 総務省 | 選挙人名簿システム改修費補助金 | 2015 | 選挙人名簿システム等の改修 | 9 |
| 外務省 | 独立行政法人国際交流基金運営費交付金 | 2019 | 受付・ライブラリー等賃借料 | 8 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業費 | 2018 | DOTS事業、ハイリスク者健診 | 8 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業 | 2019 | 結核患者に対する服薬治療支援事業の実施、結核診断事業の実施 | 7 |
| 国土交通省 | 都市安全確保促進事業 | 2016 | 都市安全確保促進事業
（新宿駅周辺地域） | 7 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業費 | 2017 | DOTS事業、ハイリスク者検診 | 7 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業費 | 2016 | DOTS事業、外国人結核対策事業 | 7 |
| 国土交通省 | 都市安全確保促進事業 | 2015 | 都市安全確保促進事業 | 6 |
| 厚生労働省 | 予防接種事故救済給付費 | 2015 | 市町村に対する予防接種事故救済給付費の補助 | 6 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業費 | 2015 | 結核患者治療成績評価推進事業、ハイリスクグループへの健康診断事業 | 5 |
| 厚生労働省 | 感染症対策特別促進事業費 | 2020 | DOTS事業の実施、高齢者等に対する結核予防事業の実施等 | 4 |
| 国土交通省 | 都市安全確保促進事業 | 2018 | 都市安全確保促進事業
（新宿駅周辺地域） | 3 |
| 国土交通省 | 都市安全確保促進事業 | 2017 | 都市安全確保促進事業
（新宿駅周辺地域） | 3 |
| 国土交通省 | 都市安全確保促進事業 | 2019 | 都市安全確保促進事業
（新宿駅周辺地域） | 3 |
| 厚生労働省 | 生活困窮者就労準備支援事業費等補助金
（うち社会福祉法人経営労務管理改善支援事業等） | 2016 | 経営管理連携推進事業の実施 | 1 |
| 厚生労働省 | 健康増進事業（健康相談等） | 2015 | 健康増進事業（健康相談等） | 1 |
| 文部科学省 | 伝統文化親子教室事業 | 2018 | 新宿区での伝統文化親子教室の実施 | 1 |
| 文部科学省 | 学校を核とした地域力強化プラン | 2020 | 学校・家庭・地域の連携協力推進に資する事業 等 | 1 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2017 | 予防接種事故発生調査費 | 0 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2016 | 予防接種事故発生調査費 | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2020 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等（法定受託事務） | 0 |
| 厚生労働省 | ハンセン病元患者家族補償金支給等経費 | 2020 | 賃金等 | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2019 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等（法定受託事務） | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2018 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等（法定受託事務） | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2017 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等（法定受託事務） | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2016 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等（法定受託事務） | 0 |
| 文部科学省 | 学校基本調査 | 2015 | 中学校以下の学校等に対する調査票配付・収集等 | 0 |
| 復興庁 | 障害者等災害臨時特例補助金 | 2015 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
