| 環境省 | 循環型社会形成推進交付金 | 2019 | マテリアルリサイクル推進施設、高効率ごみ発電施設 | 3,359 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2020 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 補助金等交付 | 987 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2020 | 民生安定施設の整備等事業件数 6件 | 983 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2017 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 | 873 |
| 防衛省 | 道路改修等事業 | 2020 | 道路の整備。事案件数１件。補助金等交付。 | 782 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2016 | 民生安定施設の整備等事業件数 5件 | 629 |
| 防衛省 | 防衛施設周辺整備統合事業 | 2015 | 防衛施設周辺整備統合事業。事業件数 １件 | 346 |
| 防衛省 | 道路改修等事業 | 2020 | 道路の整備。事案件数１件。 | 259 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 水産基盤整備事業の実施 | 113 |
| 文部科学省 | 文化財建造物等を活用した地域活性化事業 | 2015 | 佐世保市民文化ホール（旧海軍佐世保鎮守府凱旋記念館） | 112 |
| 農林水産省 | 漁港関係等災害復旧事業 | 2020 | 漁港施設の災害復旧 | 110 |
| 農林水産省 | 農地の防災保全（補助） | 2020 | 同上 | 104 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 水産基盤整備事業の実施 | 97 |
| 防衛省 | 防衛施設周辺整備統合事業 | 2017 | 防衛施設周辺整備統合事業。事業件数 1件 | 87 |
| 農林水産省 | 鳥獣被害防止総合対策交付金 | 2017 | 事業実施主体に対する交付金の交付事務、指導監督業務 | 87 |
| 農林水産省 | 鳥獣被害防止総合対策交付金 | 2016 | 事業実施主体に対する交付金の交付事務、指導監督等業務 | 84 |
| 農林水産省 | 鳥獣被害防止総合対策交付金 | 2018 | 事業実施主体に対する交付金の交付事務、指導監督業務 | 76 |
| 農林水産省 | 鳥獣被害防止総合対策交付金 | 2015 | 事業実施主体に対する交付金の交付事務、指導監督等業務 | 72 |
| 総務省 | 緊急消防援助隊の機能強化 | 2017 | 災害対応特殊はしご付消防ポンプ自動車（38ｍ級） | 64 |
| 農林水産省 | 農地の防災保全（補助） | 2018 | 同上 | 63 |
| 環境省 | 動物収容・譲渡対策施設整備費補助 | 2020 | 動物収容施設の建設工事費 | 60 |
| 国土交通省 | 国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 2020 | 佐世保港国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 58 |
| 農林水産省 | 鳥獣被害防止総合対策交付金 | 2019 | 事業実施主体に対する交付金の交付事務、指導監督業務 | 46 |
| 国土交通省 | 国際クルーズ旅客受入機能高度化事業 | 2019 | 佐世保港(国際クルーズ旅客受入機能高度化事業) | 36 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2017 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 33 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2018 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 32 |
| 農林水産省 | 浜の活力再生交付金 | 2017 | 漁港機能改善施設の整備 | 30 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2019 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 27 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2020 | 交付金の交付事務、指導監督、促進計画の策定等 | 24 |
| 環境省 | 産業廃棄物不法投棄等原状回復措置推進費補助金 | 2015 | 廃棄物の飛散防止等の支障除去対策 | 24 |
| 農林水産省 | 離島漁業再生支援等交付金 | 2016 | 〃 | 22 |
| 文部科学省 | 文化財建造物等を活用した地域活性化事業 | 2015 | 旧佐世保無線電信所（針尾送信所）施設無線塔（３基）ほか２棟 | 21 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 廃棄物処理施設等の整備 | 17 |
| 防衛省 | 提供施設の整備 | 2015 | 調査・設計業務負担金 | 17 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2018 | 市町村営林における間伐等の実施 | 17 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2020 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 13 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2015 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 13 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2019 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 11 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2018 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 11 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2017 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 11 |
| 原子力規制委員会 | 放射能調査研究に必要な経費 | 2016 | 米国原子力艦の我が国への寄港に伴う放射能調査を実施 | 11 |
| 総務省 | 新たな広域連携の促進に要する経費 | 2017 | 新たな広域連携促進事業 | 10 |
| 国土交通省 | 安心して訪日観光ができる海洋周辺地域の観光魅力向上事業（国際観光旅客税財源） | 2020 | 佐世保港において、プロムナードの整備を行う。 | 10 |
| 環境省 | 地球温暖化対策の推進・国民運動「COOL CHOICE」強化事業等 | 2017 | 地方公共団体と連携したCO2 排出削減促進事業 | 10 |
| 厚生労働省 | 保健衛生施設等施設・設備整備費補助金
（保健衛生施設等災害復旧費補助金含む） | 2016 | 施設・設備整備費の支出 | 8 |
| 環境省 | 動物収容・譲渡対策施設整備費補助 | 2019 | 動物収容施設の建設工事費 | 6 |
| 厚生労働省 | 障害福祉分野におけるロボット等導入支援事業 | 2019 | 障害福祉現場におけるロボット等導入支援 | 3 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2020 | ポリオ２次感染による健康被害者に対する医療費・特別手当の支給 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2019 | ポリオ２次感染による健康被害者に対する医療費・特別手当の支給 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2018 | ポリオ２次感染による健康被害者に対する医療費・特別手当の支給 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2017 | ポリオ生ワクチン２次感染対策事業 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2016 | ポリオ生ワクチン２次感染対策事業 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策費 | 2015 | ポリオ生ワクチン２次感染対策事業 | 2 |
| 厚生労働省 | 予防接種対策推進費 | 2017 | ポリオ生ワクチン２次感染対策事業 | 2 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2017 | 所在防衛施設に係る連絡調整業務 | 1 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2019 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 1 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2018 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 1 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2017 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 1 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2016 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 0 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2015 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 0 |
| 農林水産省 | 水産多面的機能発揮対策 | 2020 | 事務の適切な実施を図るために必要な指導等の事務 | 0 |
