| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 農山漁村地域の総合的な整備 | 168 |
| 農林水産省 | 農山漁村地域整備交付金 | 2017 | 農山漁村地域の総合的な整備（農業農村基盤整備事業、森林基盤整備事業、水産基盤整備事業及び海岸保全施設整備事業） | 152 |
| 農林水産省 | 水産基盤整備事業（補助） | 2019 | 市町村が実施する水産基盤整備事業に要する経費 | 150 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2019 | 水産基盤整備事業の実施 | 135 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2017 | 水産基盤整備事業の実施 | 123 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2020 | 水産基盤整備事業の実施 | 102 |
| 国土交通省 | 離島振興に必要な経費 | 2018 | 離島活性化交付金事業 | 97 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2016 | 水産基盤整備事業の実施 | 96 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 水産基盤整備事業の実施 | 95 |
| 総務省 | 無線システム普及支援事業（周波数有効利用促進事業） | 2016 | 防災行政無線のデジタル化整備事業 | 93 |
| 総務省 | 市町村の合併円滑化に必要な経費 | 2016 | 天草市庁舎建設事業 | 90 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2015 | 遠距離通学費等、離島高校生就学支援費、保健管理費 | 86 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2016 | 遠距離通学費等、離島高校生修学支援費、保険管理費 | 84 |
| 農林水産省 | 農山漁村地域整備交付金 | 2018 | 農山漁村地域地域の総合的な整備（海岸保全施設整備事業） | 75 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2017 | 遠距離通学費等、離島高校生修学支援費、保健管理費 | 66 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2018 | 遠距離通学費等、保健管理費、離島高校生修学支援費 | 62 |
| 総務省 | 情報通信利用環境整備推進事業 | 2016 | 高度な公共アプリケーションの導入に資する超高速ブロードバンド基盤整備を実施 | 49 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2015 | 水俣病発生地域医療･福祉連携推進事業 | 29 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2020 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 28 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2017 | 水俣病発生地域医療･福祉連携推進事業 | 28 |
| 文部科学省 | へき地児童生徒援助費等補助 | 2020 | 遠距離通学費等、保険管理費 | 28 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2019 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 28 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2016 | 水俣病発生地域医療･福祉連携推進事業 | 28 |
| 環境省 | 水俣病総合対策関係経費 | 2018 | 水俣病発生地域医療・福祉連携推進事業 | 27 |
| 農林水産省 | 森林整備地域活動支援交付金 | 2017 | 地域活動者への交付金の交付 | 23 |
| 農林水産省 | 森林整備地域活動支援交付金 | 2015 | 地域活動者への交付金の交付 | 20 |
| 総務省 | 無線システム普及支援事業(民放ラジオ難聴解消支援事業) | 2019 | 難聴対策としてのラジオ中継局整備を実施 | 17 |
| 国土交通省 | 離島振興事業 | 2015 | 農業競争力強化基盤整備事業の実施 | 11 |
| 農林水産省 | 農林漁業センサス | 2018 | 統計法に基づく法定受託事務の実施 | 5 |
| 農林水産省 | 赤潮・貧酸素水塊対策事業 | 2017 | テレメーターシステムの設計・開発・設置及び実証試験 | 4 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る医療保険者への財政支援（医療保険分） | 2020 | 一部負担金及び保険料（税）の免除措置を実施した医療保険者への財政支援 | 1 |
| 厚生労働省 | 令和２年７月豪雨に係る介護保険利用料・保険料減免に対する財政支援 | 2020 | 保険料減免等に対する財政支援 | 1 |
| 文部科学省 | 将来の在り方・生き方を主体的に考えられる若者を育むキャリア教育推進事業 | 2016 | 小・中学校等における起業体験推進事業の実施 | 1 |
| 農林水産省 | 漁場環境改善推進事業 | 2019 | テレメーターシステムの設計・開発・設置及び実証試験 | 0 |
| 農林水産省 | 漁場環境改善推進事業 | 2018 | テレメーターシステムの設計・開発・設置及び実証試験 | 0 |
| 農林水産省 | 漁場環境改善推進事業 | 2020 | 新たな自動モニタリング手法の導入と検証、広域観測・監視ネットワークシステムの開発と運用 | 0 |
| 厚生労働省 | 障害福祉サービス等災害臨時特例補助金 | 2020 | 被災した障害者等に係る障害福祉サービス等の利用者負担の減免 | 0 |
