| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2015 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付、用船料等の算定や事業の指導等を実施。 | 32,824 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2016 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付等 | 31,419 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2020 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付等 | 16,475 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2017 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付等 | 15,996 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2019 | 水産業競争力強化事業の運営 | 15,859 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2018 | 水産業競争力強化事業の運営 | 14,467 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2020 | 事業の運営 | 14,284 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2018 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付等 | 5,360 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2019 | 認定改革計画に基づく実証事業等への助成金の交付等 | 5,293 |
| 農林水産省 | 水産業成長産業化沿岸地域創出事業 | 2020 | 水産業成長産業化沿岸地域創出事業の運営に関する経費 | 4,623 |
| 農林水産省 | 捕鯨対策 | 2016 | （一財）日本鯨類研究所が実施する北西太平洋及び南極海における鯨類科学調査について、安定的かつ継続的な実施体制の構築を支援する。 | 2,250 |
| 農林水産省 | 捕鯨対策 | 2017 | （一財）日本鯨類研究所が実施する北西太平洋及び南極海における鯨類科学調査について、安定的かつ継続的な実施体制の構築を支援する。 | 1,296 |
| 農林水産省 | 水産業成長産業化沿岸地域創出事業 | 2019 | 水産業成長産業化沿岸地域創出事業の運営に関する経費 | 618 |
| 復興庁 | 漁業経営体質強化機器設備導入支援事業 | 2015 | 漁業者グループからの申請等の受付、承認その他事業の運営及び指導監督、漁業者グループによる省エネ機器設備の導入費用に係る助成金交付等、漁業用省エネ機器設備の性能に係る調査・情報収集及び評価分析、助成対象となる省エネ機器設備を選定する基準作成等 | 500 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2016 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策）の運営、管理、助成等 | 464 |
| 農林水産省 | 捕鯨対策 | 2018 | （一財）日本鯨類研究所が実施する北西太平洋及び南極海における鯨類科学調査について、安定的かつ継続的な実施体制の構築を支援する。 | 454 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2017 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策、有害生物利活用促進）の運営、管理、助成等 | 443 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2015 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策）の運営、管理、助成等 | 429 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2018 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策、有害生物利活用促進）の運営、管理、助成等 | 417 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2019 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策、有害生物利活用促進）の運営、管理、助成等 | 361 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2020 | 事業（有害生物調査及び情報提供、有害生物被害軽減技術開発、有害生物被害軽減対策、有害生物利活用促進）の運営、管理、助成等 | 322 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2016 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定、認定及び検証を実施。 | 191 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2019 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定、認定及び検証を実施。 | 188 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2017 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定、認定及び検証を実施。 | 178 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2020 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定、認定及び検証の実施等 | 159 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2015 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定及び認定を実施。 | 131 |
| 農林水産省 | 再編整備等推進支援事業
(平成22年度まで：省エネ対応・資源回復等推進支援事業) | 2015 | 本事業に係る事務手続き及び事業実施団体に対して補助金の交付 | 118 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2017 | 水産業競争力強化基金の運営 | 88 |
| 農林水産省 | 漁業構造改革総合対策事業 | 2018 | 漁業改革推進集中プロジェクトを立ち上げ、改革計画の策定、認定及び検証を実施。 | 83 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2016 | 水産業競争力強化基金の運営 | 66 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2015 | 有害生物被害軽減対策（有害生物駆除・陸上処理）の運営、管理、助成等 | 38 |
| 農林水産省 | 農林水産物の品目別輸出促進緊急対策事業 | 2017 | 事業の運営、管理、助成等 | 25 |
| 農林水産省 | 農林水産物の品目別輸出促進緊急対策事業 | 2016 | 事業の運営、管理、助成等 | 12 |
| 農林水産省 | 農林水産物の品目別輸出促進緊急対策事業 | 2018 | 事業の運営、管理、助成等 | 9 |
| 農林水産省 | 水産業競争力強化緊急事業 | 2015 | 水産業競争力強化基金の運営 | 1 |
| 農林水産省 | 有害生物漁業被害防止総合対策事業 | 2015 | 基金事業（有害生物被害軽減対策）の運営、管理、助成等 | 0 |
