| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2020 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 | 5,732 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2019 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 | 3,835 |
| 内閣府 | 沖縄振興特定事業推進費 | 2020 | 沖縄アリーナ整備事業 他２件 | 3,794 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2017 | 学校施設整備事業の実施 | 1,546 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2018 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 | 1,524 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2019 | 学校施設整備事業の実施 | 1,470 |
| 防衛省 | 借料 | 2020 | 土地等の賃借料 | 1,312 |
| 防衛省 | 借料 | 2019 | 土地等の賃借料 | 1,296 |
| 防衛省 | 借料 | 2018 | 土地等の賃借料 | 1,282 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2018 | 学校施設整備事業の実施 | 1,277 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2016 | 学校施設整備事業の実施 | 1,277 |
| 防衛省 | 借料 | 2017 | 土地等の賃借料 | 1,265 |
| 防衛省 | 借料 | 2016 | 土地等の賃借料 | 1,243 |
| 防衛省 | 借料 | 2015 | 土地等の賃借料 | 1,216 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2015 | 〃 | 1,197 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2020 | 学校施設整備事業の実施 | 1,191 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2019 | 交付対象事業の実施 | 1,179 |
| 防衛省 | 民生安定助成事業 | 2017 | 民生安定施設の整備等事業件数 3件 | 881 |
| 防衛省 | 特定防衛施設周辺整備調整交付金 | 2017 | 公共用の施設の整備又はその他の生活環境の改善若しくは開発の円滑な実施に寄与する事業等
事業件数15件 | 840 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2017 | 交付対象事業の実施 | 758 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2018 | 交付対象事業の実施 | 752 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2015 | 学校施設整備事業の実施 | 740 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2016 | 活力ある地域づくりを支援する市街地整備 他 | 696 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2019 | 学校の防音工事 | 659 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2019 | 沖縄こどもの国施設整備事業 | 650 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金推進事業 | 2020 | 交付対象事業の実施 | 633 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2015 | 学校施設整備事業の実施 | 622 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2017 | 上水道施設整備 | 424 |
| 内閣府 | 公立文教施設整備に必要な経費 | 2015 | 学校施設整備事業の実施 | 401 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2018 | 学校の防音工事 | 399 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2020 | 学校等の防音工事 | 377 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金推進事業 | 2020 | 沖縄こどもの国施設整備事業 | 353 |
| 内閣府 | 沖縄振興交付金事業推進費 | 2018 | 動物展示施設等の整備 | 345 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2017 | 活力ある地域づくりを支援する市街地整備 他 | 324 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2017 | 学校等の防音工事 | 297 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2015 | 上水道施設整備費 | 244 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2016 | 学校の防音工事等 | 235 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2020 | 上水道施設整備 | 230 |
| 防衛省 | 騒音防止事業（一般防音） | 2020 | 学校等の防音工事 補助金等交付 | 227 |
| 内閣府 | 水道施設整備に必要な経費 | 2018 | 上水道施設整備 | 168 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2020 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 159 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2015 | 沖縄市都市公園整備計画 他 | 159 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2019 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 153 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2016 | 沖縄地域の防災・暮らしの安心に資する下水道整備（防災・安全） | 143 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（社会資本整備総合交付金） | 2020 | 沖縄市都市公園整備計画 他 | 140 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2015 | 沖縄地域の防災・暮らしの安心に資する下水道整備(防災・安全) 他 | 133 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業費（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2020 | 工事及び工事に係る調査・設計等 | 131 |
| 防衛省 | 米軍再編関係経費 | 2019 | 文化財発掘調査業務 | 128 |
| 内閣府 | 沖縄子供の貧困対策に必要な経費 | 2018 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 122 |
| 内閣府 | 社会資本総合整備事業に必要な経費
（防災・安全社会資本整備交付金） | 2020 | 沖縄地域の防災・暮らしの安心に資する下水道整備（防災・安全） 他 | 114 |
| 内閣府 | 水道施設に必要な経費 | 2016 | 上水道施設整備 | 114 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2017 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 112 |
| 内閣府 | 沖縄の子供の貧困対策に必要な経費 | 2016 | 子供の貧困対策支援員配置、居場所の運営支援 等 | 76 |
| 内閣府 | 防犯灯・防犯カメラ等緊急整備事業 | 2017 | 防犯灯・防犯カメラ等緊急整備事業 | 74 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2018 | 市町村支援事業 | 65 |
| 厚生労働省 | 地域介護・福祉空間整備等施設整備交付金 | 2017 | 既存介護施設等のスプリンクラー整備支援事業 | 52 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2019 | 市町村支援事業 | 43 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2017 | 市町村支援事業 | 39 |
| 防衛省 | 補償経費等 | 2019 | 原状回復費 | 38 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2016 | 市町村支援事業・特定処理事業 | 30 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2015 | 市町村支援事業 | 25 |
| 内閣府 | 沖縄の戦後処理対策に必要な経費 | 2020 | 市町村支援事業 | 19 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2015 | 養育医療の給付 | 19 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2019 | 養育医療の給付 | 10 |
| 厚生労働省 | 未熟児養育費負担金 | 2016 | 養育医療の給付 | 6 |
| 文部科学省 | スポーツによる地域活性化推進事業（地域スポーツコミッションの活動再開支援事業） | 2020 | 地域スポーツコミッションの活動再開支援事業の実施 | 3 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2015 | 工事の実施等 | 3 |
| 内閣府 | 沖縄開発事業（旧社会資本整備事業特別会計計上分） | 2016 | 工事の実施等 | 2 |
